Antes da conquista espanhola, o atual território de Honduras era habitado por povos indígenas que se caracterizavam por dois tipos culturais diferentes, formados como produto das migrações que povoaram o continente americano em tempos pré-colombianos.
As culturas maia e asteca eram regidas pelo chamado modo de produção asiático, cuja característica mais marcante era a existência de uma economia sedentária, baseada na produção agrícola, com relações de produção de caráter coletivo centralizadas em um único poder que era exercido por um conjunto de oficiais civis, religiosos e militares. Portanto, não eram sociedades igualitárias. A divisão de classes foi estabelecida entre aqueles que exerciam o poder e a maioria do povo.
Essas culturas alcançaram grande progresso nos diversos campos do conhecimento humano, impulsionadas pelo desenvolvimento de uma agricultura variada (feijão, cacau, pimenta, etc.) e possuíam grandes sistemas de irrigação. Dessa forma, garantiam alimentação adequada para suas numerosas populações. Também aplicaram técnicas de grande perfeição em têxteis e cerâmicas. Eles desenvolveram um comércio intenso e variado. Alcançaram um alto desenvolvimento científico em matemática e astronomia, além de arquitetura e escultura, que utilizaram na construção de grandes cidades.
No noroeste de Honduras, predominavam os povos Chortí, grupo Mayance localizado em Copán e Ocotepeque, e os Lencas que se estendiam pelos departamentos de Santa Bárbara, Lempira, Intibucá, La Paz, Comayagua, Francisco Morazán e Valle e parte do que hoje compreende o território de El Salvador.
O restante do território hondurenho era habitado por povos do sul do continente, de cultura nômade e seminômade, regida por relações de produção comunal primitivas. Entre esses povos estavam os Tolupans (também chamados Xicaques), Pechs (também chamados Payas), Tawahkas e Miskitos, que juntos formavam a maioria da população do país. A partir da segunda metade de 1700, outras etnias se formaram ao longo da zona costeira da costa caribenha: os garífunas e os negros de língua crioula inglesa.
