Era uma vez um dos mais importantes centros da cultura do Atacama. Os arredores terras férteis foram divididas em setores e foram trabalhadas por as mesmas famÃlias.
Em 1450 foi conquistada pelos incas. Então, em 1536, seriam integrados na história latino-americanos com a passagem de Diego de Almagro para o povo.
Recursos minerais também favorecida economicamente a economia de San Pedro de Atacama, como isso ajudou na comercialização do mineral.
Em 1870, o centro administrativo que se formou aqui, foi transferido para Calama.